在太一一行人告別數碼世界后數碼世界并沒(méi)有就此關(guān)閉朝向人類(lèi)的大門(mén)而數碼世界的內部卻沒(méi)有太平多少時(shí)日就又開(kāi)始了紛爭 　　數碼世界急需一批被選中的孩子來(lái)維護數碼世界和人類(lèi)世界的和平太一、阿和、素娜等人都已先后成為了初中生沒(méi)有太多精力和時(shí)間能夠和數碼寶貝們一起并肩作戰只有阿武和小光成為了新一代的領(lǐng)頭人被選中的孩子有本宮大輔（木內玲子 配音）、井之上京（夏樹(shù)莉緒 配音）、火田伊織（夏樹(shù)惠 配音）等人和他們一同戰斗的除了亞古獸、加布獸等還有新的數碼寶貝參與于是在第一代數碼人的帶領(lǐng)下新的數碼寶貝和守護者們開(kāi)始了同邪惡勢力的作戰……