故事發(fā)生在東京八丈島近海這里建成了一座連接了全球各地警方監控攝像的海洋設施“太平洋浮標”在這座設施正式啟動(dòng)之前為了與歐洲刑警組織管轄的范圍聯(lián)網(wǎng)世界各國的IT工程師來(lái)到現場(chǎng)而與此同時(shí)一項應用了人臉識別系統的“新技術(shù)”的測試也在進(jìn)行中……另一方面柯南和少年偵探團在園子的招待下來(lái)到八丈島賞鯨此時(shí)柯南接到來(lái)自沖矢昂（赤井秀一）的電話(huà)被告知歐洲刑警組織的成員在德國遭到琴酒的殺害為調查真相柯南偷偷混進(jìn)了前往“太平洋浮標”進(jìn)行警備工作的黑田兵衛等警視廳人員乘坐的警備艇中進(jìn)入設施內部之后在為系統啟動(dòng)而穩步展開(kāi)準備工作的設施內發(fā)生了案件——一名女性工程遭到黑衣組織的綁架而她手中裝有某些情報的U盤(pán)也落到了黑衣組織的手里海中傳來(lái)令人毛骨悚然的螺旋槳聲而此時(shí)身在八丈島的灰原哀身邊也正有黑影在悄悄靠近……