哥斯拉掉入三原山之后日本過(guò)了5年平安的日子但是自衛隊為了以防萬(wàn)一打算以哥斯拉的細胞為成分制造對抗哥斯拉的武器"抗核細菌"(ANB)以及將之前與哥斯拉對戰時(shí)被摧毀的超級武器"Super_X"改造成為"Super X2"此時(shí)哥斯拉在三原山里居然又開(kāi)始活動(dòng)使得日本關(guān)東地區地震不斷并且使得白神博士將自己女兒細胞跟玫瑰細胞混合的植物死亡于是白神博士便加入ANB計劃同時(shí)他將哥斯拉細胞與女兒細胞跟玫瑰細胞混合的植物結合制造了不死植物碧奧蘭蒂但是在一次的事件當中碧奧蘭蒂被釋放出來(lái)并且在蘆之湖巨大化此時(shí)三原山爆炸哥斯拉再度出現自衛隊無(wú)法阻擋哥斯拉 往東京方向移動(dòng)后來(lái)出動(dòng)了"Super X2"使哥斯拉改變移動(dòng)方向但是在哥斯拉不間斷的攻擊之下"Super X2也敗下陣來(lái)但是沒(méi)有想到哥斯拉此時(shí)卻朝著(zhù)碧奧蘭蒂的所在地移動(dòng).....